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罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是我国重要的淡水虾养殖品种,为探讨罗氏沼虾不同组织基因表达差异,本研究使用Illumina Hiseq平台分析了罗氏沼虾的7个组织(眼柄、肝脏、卵巢、鳃、心脏、肌肉、精巢)转录组,质控后获得高质量的clean reads 36325476、56796932、36328098、51370140、45010606、43240160、42404294条,共计46.2 Gb的clean reads数据。测序结果经denovo组装共获得95220个Unigenes,每个Unigenes的平均长度为1064.9bp。经过生物信息学方法与五个数据库(NR, GO, COG, KEGG, SWSS-PRO)比对,共注释到20368个Unigenes。其中GO功能注释将Unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3个大类50个分支;在与COG数据库比对中,共有15798条比对到了同源序列,且一共被分为25类;KEGG代谢通路包括6大类33个小类,可将Unigenes映射到330条代谢通路中。分子标记筛选后获得37751个潜在SSR位点,共发现3228575个SNP位点。本研究通过对罗氏沼虾7个不同组织进行转录组测序,数据组装及功能注释,为进一步深入挖掘和开发利用罗氏沼虾功能基因提供参考。 相似文献
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磺胺类、四环素、喹诺酮类和多粘菌素抗生素是医学与养殖业中的常用抗生素,其中多粘菌素在畜牧养殖业中常作为促长剂添加。调查分析了这4类抗生素的常见耐药基因在东海温州近海水域的分布情况。利用抗性平板筛选温州近海水域对磺胺类、四环素类及喹诺酮类抗生素耐药的可培养细菌分离株,对耐药分离株通过PCR方法进行目标耐药基因检测;对目标耐药基因阳性的耐药分离株进行多粘菌素耐药基因MCR检测以及采用微量二倍稀释法测定对上述4类抗生素的耐药性。结果表明,利用抗性平板筛选获得可培养耐药分离株1 605株,从中筛选到目标耐药基因阳性的51株,检出率为3.18%,包括含磺胺类耐药基因35株、含四环素耐药基因36株、含喹诺酮耐药基因17株、含多粘菌素耐药基因2株; 51株耐药菌归于7个菌属,其中气单胞菌属(Aeromonas sp.) 43株,占比84.31%,枸橼酸杆菌属(Citrobacter sp.)和希瓦氏菌属(Shewanella sp.)各2株,埃希氏菌属(Escherichia sp.)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus sp.)、Thalassobius sp.及Amphritea sp.各1株;上述2株非常见分离株不统计在内,常见的49株均对四环素耐药, 41株对多粘菌素耐药,对磺胺类和喹诺酮类耐药的分离株均为34株;同时,发现23株对4类抗生素均产生耐药, 16株对多达3种抗生素耐药,多重耐药现象普遍存在。同时,鉴定出MCR-3阳性的条件致病菌维氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌各1株。综上,温州市近海水域中含有常见耐药基因的耐药分离株检出率较低,但同一耐药基因的细菌分布多样,对磺胺类、四环素类、喹诺酮类及多粘菌素类等4类抗生素表现出较强的耐药性,多重耐药现象明显。研究结果将为评估温州近海水域的细菌耐药性风险,规范抗生素的使用提供科学依据。 相似文献
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了解近交效应对评估贝类长期育种的可行性及分析自交和全同胞交配子代的近交衰退有重要意义。海湾扇贝是典型的性腺雌区与雄区严格分开的雌雄同体型海洋贝类，行体外受精。它是研究贝类遗传近交衰退和交配系统进化的一个模式物种。目前双壳贝类的近交衰退研究多集中在表型和分子标记等方面，但基因组表达层面的研究较少。本研究比较了亲本遗传背景相同的海湾扇贝近交系F=0.5和杂交系闭壳肌组织的基因表达。表型方面：近交系和杂交系在某些生长性状有差异，其中近交系的壳长和总重低于杂交系。基因表达方面：自交系有1175个基因表达量上调，1390个基因表达量下调。差异表达基因主要集中在肌原纤维、收缩纤维和细胞质膜等。GO功能富集主要集中在转移酶、磷酸酶、蛋白激酶和活性肽等方面。差异明显的通路主要集中在氧化磷酸化通路和细胞凋亡通路。利用独立亲本的近交系和杂交系采用qRT-PCR技术，验证了近交系的差异表达基因主要参与氧化磷酸化通路和细胞凋亡通路， 说明自交能影响能量代谢和自稳态。 相似文献
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B-3胞外多糖是从一株南极嗜冷菌Psychrobacter sp.B-3发酵液中提取的胞外多糖，前期研究发现该多糖能够激活巨噬细胞并影响其免疫调控活动。为探明其免疫调控途径，采用转录组学分析对经B-3多糖刺激的RAW264.7巨噬细胞系进行了差异表达基因分析。研究结果表明B-3多糖的刺激引起了420个基因的差异表达，其中上调178个、下调242个。差异表达基因与细胞功能存在诸多关联，但主要集中在代谢和免疫两个通路上：其中在多个免疫相关通路上，富集最显著的是抗原处理和表达途径；另一个明显富集的则是代谢通路，B-3多糖处理引起了大量参与代谢的酶类的表达变化，包括氨基酸，碳水化合物，脂质和核苷酸代谢相关基因均发生了一定程度的改变。因此，B-3胞外多糖作为一种免疫激活剂直接影响了RAW264.7巨噬细胞系的免疫功能，同时也对其胞内的代谢途径产生了影响。本论文首次开展了南极嗜冷细菌胞外多糖对RAW264.7巨噬细胞系的影响，该研究为不同来源的活性多糖对巨噬细胞免疫激活研究提供了科学依据。 相似文献
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The circadian clock is a fundamental endogenous mechanism of adaptation that coordinates the physiology and behavior of most organisms with diel variations in the external environment to maintain temporal homeostasis. Diatoms are the major primary producers in the ocean. However, little is known about the circadian clock in marine diatoms compared with other organisms. Here, we investigated circadian clock genes, their expression patterns, and responses to environmental stimuli such as light, nitrogen and phosphorus in two marine diatoms, Skeletonema costatum and Phaeodactylum tricornutum, using a combination of qRT-PCR and bioinformatic analysis. We identified 17 and 18 circadian clock genes in P. tricornutum and S. costatum, respectively. Despite significant evolutionary differences, these genes were similar to those of the higher plant Arabidopsis. We also established a molecular model for the marine diatom circadian clock comprising an input pathway, core oscillator, output pathway, and valve effector. Notably, the expression patterns of core clock genes (circadian clock associated 1 (CCA1), late elongated hypocotyl (LHY) and timing of cab 1 (TOC1)) in both species differed from those of terrestrial plants. Furthermore, the expression of these genes was influenced by variations in ambient light, nitrogen and phosphorus availability. Although marine diatoms and higher plants share common circadian clock components, their clock genes have diverged throughout evolution, likely as a result of adapting to contrasting environments. 相似文献
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本文研究一株地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)对提高泥蚶耐受镉(Cd2+)胁迫的作用,实验分析了不同浓度地衣芽孢杆菌对Cd2+胁迫下泥蚶(Tegillarca granosa)的存活率及组织中Cd残留量的影响;同时比较了地衣芽孢杆菌作用前后,泥蚶体内两类抗氧化酶,超氧化物歧化酶(SOD)和谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)的活性,进一步通过Real-time PCR分析了三类免疫相关基因金属硫蛋白(MT)、小热休克蛋白分子(sHSP)和铁蛋白(ferritin)的表达情况。研究结果显示,地衣芽孢杆菌能降低泥蚶组织中Cd残留量,提高其存活率。并能有效促进泥蚶体内SOD和GSH-Px酶活性的增加,同时降低MT、sHSP和ferritin在mRNA水平上的表达。数据表明该地衣芽胞杆菌可通过调节泥蚶的免疫系统,起到降低Cd2+对泥蚶毒害的作用。 相似文献
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实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是定量分析基因表达的常用方法,选择合适的内参基因对准确分析目的基因表达水平至关重要。本研究以不同铁浓度培养条件下的玛氏骨条藻为材料,定量分析Cytb、EF-1α、HPRT、UBC、GAPDH、β-actin以及β-tubulin 7个内参基因的表达情况,并利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件对这些内参基因的稳定性进行综合评价。结果表明,Cytb和EF-1α的表达稳定性较好,EF-1α+Cytb组合的稳定性最佳,是玛氏骨条藻基因表达研究的理想内参基因,而其他基因的表达稳定性较差,不适合作为内参基因。本研究为玛氏骨条藻基因表达研究过程中内参基因的选择提供了方法学上的依据。 相似文献
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无乳链球菌是一种人畜鱼共患的重要病原菌,菌体表面的荚膜多糖是公认的毒力因子,其合成过程受荚膜多糖合成基因的调控.荚膜多糖合成基因存在于荚膜多糖操纵子中,参与无乳链球菌荚膜多糖的合成启动、寡糖和多糖的聚合以及外输并锚定于菌体表面,在新型诊断技术和减毒突变株的构建方面取得良好的应用.本文首次就cps基因的基本属性、转录调节、编码蛋白及其生物功能、对荚膜多糖合成的调控机理、在血清分型和突变株构建的应用这六个方面进行深入分析和讨论,以期为GBS cps基因的新功能研究和创新应用提供理论参考. 相似文献
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本研究采用全自动生长曲线分析仪Bioscreen C,比较了不同浓度的新琼四糖、新琼六糖、龙须菜发酵液、低聚果糖、低聚木糖、葡萄糖对乳酸菌Lactobacillus plantarum的促增长作用。结果显示,葡萄糖和龙须菜发酵液最佳的添加浓度分别为0.4 g/L和0.8 g/L,而新琼四糖、新琼六糖、低聚果糖、低聚木糖均为0.6 g/L。在各自的最佳浓度下,促生长效果最好的依次为新琼四糖、低聚果糖、新琼六糖、龙须菜发酵液、低聚木糖和葡萄糖。进一步比较在最佳添加量(0.6 g/L)和低浓度(0.2 g/L)条件下,新琼四糖和新琼六糖对乳酸菌Lactobacillus plantarum的转录组的影响,发现新琼四糖和新琼六糖在促乳酸菌生长的作用机理上有很大的相似性,当浓度升高时对细胞内的“转运活性”有更高的影响。 相似文献